Kota Yogyakarta terletak di bagian Selatan Pulau Jawa. Pemerintahan Yogyakarta berdiri sejak tahun 1945. Beberapa minggu setelah Proklamasi dilakukan pada tanggal 17 Agustus 1945, atas desakan rakyat dan setelah melihat kondisi darurat Hamengkubuwono IX mengeluarkan pernyataan resmi kerajaan yang dikenal dengan Amanat pada tanggal 5 September 1945. Mereka melakukan integrasi kerajaan Yogyakarta ke dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia. Paku Alam VIII mengeluarkan proklamasi yang sama pada hari yang sama. Integrasi di balik Republik membuatnya lebih mudah dipahami daripada yang dikeluarkan oleh berbagai kerajaan nusantara. Meskipun tidak sedikit bangsawan yang tetap mendukung pemerintahan Belanda setelah kekalahan Jepang.

Pembukaan Panitia Kemerdekaan Nasional yang dipimpin oleh Hamengkubuwono IX membersihkan nama baik Yogyakarta pada tanggal 29 Oktober 1945 oleh presiden, Mohammad Saleh, dan dua wakil ketua yaitu S. Joyodiningrat dan Ki Bagus Hadikusumo. Setelah memangku jabatan sebagai Kepala Badan Pekerja KNI Daerah Yogyakarta, Hamengkubuwono IX, dan Paku Alam VIII mengeluarkan surat keputusan kerajaan yang memberikan penghormatan kepada KNI Legislatif. Raja kedua Keraton Yogyakarta itu membagi Jawa menjadi dua bagian dan mengawali kerukunan kedua kerajaan.

Karena tidak sendiri, surat keputusan kerajaan itu ditandatangani oleh pejabat yang berwenang dan Ketua Badan Pekerja KNI Yogyakarta masuk ke tengah-tengah rakyat. Perkembangan pemerintahan daerah kesatuan mengalami pasang surut. Secara resmi, Yogyakarta ditetapkan sebagai daerah otonomi yang mengukuhkan kedudukan kedua daerah itu sebagai daerah khusus pada tanggal 18 Agustus 1946. Surat keputusan itu tertuang dalam Berita Acara Nomor 18 DPRD Yogyakarta. Pemerintahan perjanjian itu tetap berlaku sampai dikeluarkannya Surat Keputusan Nomor 3 Tahun 1950 tentang berdirinya Daerah Istimewa Yogyakarta yang mengukuhkan Sultan Hamengkubuwono dan Sri Paku Alam bergabung dengan Republik Indonesia.